NPB bao gồm hai giải đấu, Central League và Pacific League, mỗi giải có sáu đội. Ngoài ra còn có hai giải đấu nhỏ chuyên nghiệp cấp hai, Eastern League và Western League, có lịch thi đấu ngắn hơn dành cho các cầu thủ đang phát triển.

Mùa giải bắt đầu vào cuối tháng Ba hoặc đầu tháng Tư và kết thúc vào tháng Mười, với hai hoặc ba trò chơi All-star vào tháng Bảy. Trong những thập kỷ gần đây trước năm 2007, hai giải đấu có lịch thi đấu từ 130 đến 140 trận đấu thông thường của mùa giải, trong đó 146 trận đấu của Central League vào năm 2005 và 2006 là ngoại lệ duy nhất. Cả hai giải đấu kể từ đó đã trải qua 143 trận mỗi mùa giải, mỗi mùa có 73 trận trên sân nhà và trên sân khách. Nhìn chung, các đội Nhật Bản chơi sáu trận một tuần, nghỉ thứ Hai hàng tuần.

Sau khi kết thúc mỗi mùa giải thông thường, các đội xuất sắc nhất từ ​​mỗi giải đấu sẽ tiếp tục thi đấu ở giải đấu play-off để tìm ra nhà vô địch mỗi giải đấu, sau đó hai đội vô địch mỗi giải sẽ thi đấu với nhau trong loạt trận chung kết"Nippon Series" hay "Japan Series" để tìm ra nhà vô địch chung cuộc.

Năm 2004, Pacific League chơi ít hơn 5 trận so với các đội thuộc Central League trong mùa giải thông thường và sử dụng thể thức playoff mới để xác định nhà vô địch (đội sẽ tiến tới Japan Series). Các đội ở vị trí thứ ba và thứ hai thi đấu trong một loạt ba trận đấu (tất cả đều ở sân nhà của đội đứng thứ hai) và đội thắng trong loạt trận đó sẽ đấu với đội hạng nhất trong loạt trận trên sân nhà của đội hạng nhất. Vào năm 2007, Central League cũng đã thông qua giải đấu của Pacific League, và kể từ đó thể thức này được gọi là Climax Series với hai đội chiến thắng, một đội từ mỗi giải đấu, thi đấu ở Japan Series..[cần dẫn nguồn]